Fue creada el 16 de diciembre de 1890 en Comillas (Cantabria), España, erigida por el Papa León XIII, mediante el Breve "Sempiternam Dominici Gregis". En sus inicios era un seminario católico para la formación de candidatos al sacerdocio procedentes de toda España,Hispanoamérica y Filipinas, promovido a instancias del padre jesuita Tomás Gómez Carral (1837-1898) y construida por su patrocinador, Antonio López y López (1817-1883), primer marqués de Comillas, y su hijo Claudio López Bru(1853-1925), segundo marqués de Comillas, que continuaría la labor de su padre. Su disciplina interna y calidad académica hicieron de ella un lugar en el que confluyeron un importante número de vocaciones sacerdotales procedentes de todas las diócesis españolas, hispanoamericanas y de Filipinas. El aumento de su actividad hizo que paulatinamente se fueron agregando nuevos edificios a los ya existentes: Seminario Mayor (1882), Seminario Menor (1912), Colegio Máximo (1944) y el Colegio Hispanoamericano (1946).
Después de setenta y cinco años de labor académica en Comillas se decidió, en 1968, su traslado total a Madrid y abrir la institución a la enseñanza de seglares cristianos.
En la actualidad el enorme complejo de edificios originales ubicados en un lugar privilegiado de la villa cántabra permanecen inutilizados y en un progresivo deterioro. Su propiedad ha pasado a manos del Gobierno de Cantabria que, tras negociaciones con Caja Cantabria, ha adquirido el complejo con el fin de rehabilitar el Seminario Mayor, el edificio con mayor calidad arquitectónica, y establecer en él el Centro Internacional de Estudios Superiores del Español (Ciese-CC), que se pretende sea referente internacional para la investigación y aprendizaje a profesionales, investigadores y estudiantes de la cultura hispánica y la lengua española. Así mismo, los edificios del Seminario Menor y el Edificio Máximo de la antigua Universidad Pontificia son candidatos a albergar la futura sede del centro de la Fundación Comité Español de los Colegios del Mundo Unido en España.
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